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医療費控除はe-Taxとマイナポータル連携を使えば、自宅からスマホやPCで簡単に申告できるというのが結論です。
「マイナポータル連携」を利用することで、自身で医療費の領収書等を収集したり、医療費を集計したりする必要がなくなるほか、申告書の該当項目へ自動入力されることにより、入力する手間が不要となり、入力ミスもなく、より簡単に手続ができます。
引用元: 確定申告は「マイナポータル連携」でもっと簡単に（デジタル庁ニュース）
詳しい情報は以下をご覧ください。
医療費控除とは？e-Taxで申告するメリット
医療費控除の基本ルールと対象になる費用
医療費控除とは、1月1日から12月31日までの1年間に支払った医療費が一定額を超えた場合、確定申告をすることで所得税の一部が還付される制度です。
対象になるのは自分だけでなく、生計を一にする配偶者や親族の分も含めることができます。
逆に、美容整形や健康診断（異常が見つからなかった場合）、予防接種などは対象外となりますので注意してください。
e-Tax×マイナポータル連携で何が自動入力されるのか
マイナポータル連携を使うと、健康保険組合などから発行された保険診療分の医療費データが自動で確定申告書に反映されます。
これまで領収書を1枚ずつ集めて金額を手計算していた作業が、ほぼ不要になるわけです。
この動画では国税庁公式の医療費控除の入力方法を解説。
マイナポータル連携は6年目を迎えて操作性も年々向上しているので、初めてでも安心して取り組めます。
2026年（令和7年分）確定申告の期間と準備するもの
令和7年分の確定申告期間は2026年2月16日（月）から3月16日（月）までです。
なお、医療費控除などで税金が戻ってくる「還付申告」の場合は、2月16日より前でも提出できます。
企業等に勤めている給与所得者の大部分の方は「年末調整」がありますので、基本的に確定申告をする必要はありません。ただし、医療費控除などは年末調整の対象ではありませんので、医療費控除を受ける場合は個人で所得税の確定申告をする必要があります。
引用元: 確定申告は「マイナポータル連携」でもっと簡単に（デジタル庁ニュース）
事前準備を済ませておけば、確定申告期間に入ったらスムーズに申告できます。
この時期に慌てて準備する人が多いので、今のうちに必要なものを揃えておくと周りより一歩リードできますね。
マイナポータルで医療費控除を申告する手順
マイナポータルの事前準備とe-Tax連携の流れ
まず全体の流れを把握しましょう。
マイナポータルの利用者登録は、スマートフォンとマイナンバーカードがあればすぐに完了します。
過去に給付金の申請やマイナ保険証の紐づけなどでマイナポータルを使ったことがある方は、すでに利用者登録が済んでいるので改めての登録は不要です。
具体的な操作としては、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にアクセスし、マイナポータル連携を選択してマイナンバーカードを読み取るだけです。
画面の案内に沿って進めれば、医療費データの取得から申告書の作成まで一気に完了できます。
この動画では2026年確定申告の医療費控除のやり方を初心者向けにわかりやすく解説しています。
2月9日以降なら1〜12月全月分を一括取得できる
「12月分の医療費データはマイナポータルに反映されないのでは？」と心配する方が多いのですが、実はそこまで問題ではありません。
確定申告に利用するための1年間分（1月〜12月）の医療費通知情報は、例年、原則2月9日に一括で取得可能になります。
確定申告に利用するための1年間分の医療費通知情報（XMLデータ）は、例年、原則2月9日に申告年分の1月から12月分までの情報が一括で取得可能となります。
引用元: 確定申告は「マイナポータル連携」でもっと簡単に（デジタル庁ニュース）
つまり、2月9日以降に確定申告書等作成コーナーからマイナポータル連携を行えば、12月分も含めた全月のデータを自動入力できるということです。
自費診療・交通費など手入力が必要なものと入力方法
マイナポータルで自動取得できるのは保険診療分の医療費のみです。
これらは確定申告書等作成コーナーの医療費控除入力画面で「医療費の領収書から入力する」を選択し、「医療を受けた人の氏名」「病院・薬局の名称」「支払った金額」を入力します。
(国税庁 医療費控除を受ける方へより)
領収書は提出不要ですが、5年間の保存義務があるので捨てずに保管しておきましょう。
交通費についてはメモ書きでOKなので、通院した日付・医療機関名・交通手段・金額を記録しておくことをおすすめします。
ここまで読んだなら、自分の手元に手入力が必要な領収書があるかどうか、今のうちに確認しておくとスムーズですね。
医療費控除はいくら戻る？計算方法と申告のコツ
控除額の計算式と「10万円」の基準
医療費控除の計算式はシンプルです。
その年の1月1日から12月31日までの間に自己または自己と生計を一にする配偶者やその他の親族のために医療費を支払った場合において、その支払った医療費が一定額を超えるときは、その医療費の額を基に計算される金額の所得控除を受けることができます。これを医療費控除といいます。
引用元: No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）（国税庁）
たとえば年間の医療費が15万円で保険金の補てんがなかった場合、15万円－10万円＝5万円が医療費控除額となります。
この5万円がそのまま戻ってくるわけではなく、ここに所得税率を掛けた金額が実際の還付額です。
所得税率別の還付金シミュレーション
実際にいくら戻るのか、医療費20万円（補てんなし）のケースで見てみましょう。
| 課税所得 | 所得税率 | 控除額（20万-10万） | 所得税の還付額 | 住民税の軽減額 | 合計メリット |
|---|---|---|---|---|---|
| 195万円以下 | 5% | 10万円 | 5,000円 | 10,000円 | 15,000円 |
| 195万〜330万円 | 10% | 10万円 | 10,000円 | 10,000円 | 20,000円 |
| 330万〜695万円 | 20% | 10万円 | 20,000円 | 10,000円 | 30,000円 |
| 695万〜900万円 | 23% | 10万円 | 23,000円 | 10,000円 | 33,000円 |
所得が高い人ほど税率が高く還付額も大きくなるので、「たかが数万円」と思わずに必ず申告しておきたいところです。
この動画では医療費控除の対象者からe-Tax申請までの流れをやさしく解説しています。
家族分もまとめて申告できる！代理人設定のやり方
ここまでは自分一人の医療費控除について解説してきましたが、実は生計を一にする家族の医療費もまとめて申告できます。
たとえば配偶者や子どもの医療費を合算すれば、一人では10万円に届かなくても家族全体で超える可能性があります。
医療費控除はまとめて一人の所得から差し引くことで控除額が大きくなる仕組みなので、家族の中で最も所得が高い人が代表して申告するのがお得です。
家族がいる方は、一度合算してみると「実は10万円超えてた」というケースも多いので、確認しておいて損はないですよ。
まとめ
医療費控除はe-Taxとマイナポータル連携を使えば、自宅から簡単に申告できます。
年末調整では対応できないため、自分で確定申告をする必要がありますが、マイナポータル連携を使えば医療費データの自動入力が可能で、手作業の手間を大幅に減らせます。